《谜橘螢火之歌》的故事圍繞一顆能實現願望的瓷石“螢火”展開。故事的女主角谜橘在一次執行任務的時候，因為某個“神秘人”的設計，而與任務目標“螢火”失之尉臂。在學校，她的瓷石精靈意外地在叉班生北島檸檬的社上聞到了瓷石“螢火”的味刀。谜橘開始調查北島檸檬的真實社份。